Annemie Vanackere studierte Philosophie sowie ein Jahr Theater- und Filmwissenschaft. Sie arbeitete als Produktionsleitung, bevor sie 1993 sie die künstlerische Leitung des Nieuwpoorttheater in Ghent übernahm. Von 1995 bis 2011 war Annemie Vanackere an der Rotterdamse Schouwburg beschäftigt, seit 2001 als künstlerische Ko-Leiterin der ebendort sowie als Leiterin des an die Schouwburg angegliederten Productiehuis Rotterdam. Bis 2011 war Annemie Vanackere zudem künstlerische Leiterin von De Internationale Keuze van de Rotterdamse Schouwburg, dem 2001 von ihr mitgegründeten jährlich stattfindenden internationalen Theater-, Tanz- und Performancefestivals in Rotterdam. Seit September 2012 ist sie die Intendantin und Geschäftsführerin des HAU Hebbel am Ufer in Berlin.